南京邮电大学是中国知名的工科院校之一，以电子信息类专业闻名于业界。根据学校的就业数据和专业声誉，可以确定南京邮电大学最好的三个专业分别是通信工程、电子信息工程和自动化。

首先，通信工程是南京邮电大学的传统优势专业。该专业培养学生在通信系统、移动通信、光电通信等领域的知识与技能，为学生提供了丰富的实践机会。南京邮电大学通信工程专业拥有一流的师资力量和实验设备，培养出了大批优秀的通信工程师。该专业在国内外企业和研究机构都有很高的声誉，毕业生就业率也一直保持在较高水平。

其次，电子信息工程专业是南京邮电大学的又一强项。该专业培养学生在电子科学与技术、电路与系统、数字电子技术等方面的知识与能力。学生在校期间可以参与各种科研项目，掌握先进的电子信息技术。南京邮电大学电子信息工程专业的毕业生在国内外电子信息领域的企事业单位都有很高的竞争力，就业前景广阔。

最后，自动化专业是南京邮电大学工科类专业中的热门专业之一。自动化专业培养学生在自动化技术与应用、控制理论与技术、机器人技术等领域的知识与技能。南京邮电大学自动化专业的师资力量雄厚，实验设备先进，学生在校期间可以参与各种实践活动，掌握自动化技术的最新发展。自动化专业毕业生在自动化设备、智能制造、工控系统等领域就业前景广阔。

总之，南京邮电大学的通信工程、电子信息工程和自动化专业是该校最好的三个专业。这些专业在学校的师资力量、实验设备、实践机会和就业前景等方面都具有明显的优势。无论是在专业声誉还是就业率上，这些专业都取得了令人瞩目的成就，为学生提供了广阔的发展空间。