软件工程系是华软软件学院建系最早、规模最大的系之一，现有教师47人，来自于日本、英国、德国等海外归来的专业教师占三分之一。为与全球软件巨头Microsoft、IBM、ORACLE等公司接轨，该系聘请多位来自于微软亚洲研究院的院士及IBM研发中心、香港理工大学的教授等作为教学顾问。其中教授、副教授以上10人，博士、硕士研究生以上学历占90%。专业教学特别强调指出实战性，相当部分的老师具有丰富的企业经验。该系现有在校生近2，200人，已毕业的本、专科学生共3，350多人。软件工程系面向软件产业及各行业信息化建设需要，以培养能适应市场需求的软件专业实用型技术人才为目标，现已架构起软件技术人才所需求的、相互关联、相互支持的软件开发、软件测试、数据处理、移动互联网、金融信息五大技术模块，学生在项目实训、精英班学习、专业比赛等学习过程中，能根据自己的兴趣特点、发展志向去架构自己的知识结构，并在实践中得以形成“团队”进行学习。该系的软件工程专业于2010年荣获广州市属普通高等院校第一批特色专业，同时，也被广东省教育厅评为2010年本科院校特色专业建设点。为加强软件复合型人才的培养，2011年软件工程系开设新的专业方向金融信息工程，将会相继与工行、建行、汇丰、招商银行及国内保险、证劵机构等合作联合培养面向金融领域信息化建设，具备经济和金融理论与实务知识、计算机技术知识与应用开发能力，掌握金融管理信息系统分析、设计与实现的理论、方法和技能，能在银行、证卷、保险等各类金融机构从事信息管理及信息系统分析、设计、实施、维护等方面的金融信息化复合型应用人才。2010-2011两年，软件工程系多名优秀的本科毕业生已到Microsoft、IBM公司工作，鉴于华软学生的思维敏锐、动手能力强、心态与团队精神良好，IBM公司已连续两年招收华软的学生。软件工程系与众多著名高校合作，并且邀请部分国内外高校学者教授定期到系开展讲座。澳门大学校长赵伟教授香港大学计算机系系主任张伟荦教授香港理工大学电子计算学系主任张大鹏教授