| 年份 | 软科中国最好大学排名 |
| 2025 | 94 |
| 2024 | 138 |
| 2023 | 123 |
| 年份 | 软科医药类排名 |
| 2024 | 16 |
| 2023 | 15 |
| 年份 | 武书连中国大学综合实力排名 |
| 2025 | 166 |
| 2024 | 168 |
| 2023 | 144 |
| 年份 | 校友会中国大学排名 |
| 2025 | 135 |
| 2024 | 128 |
| 2023 | 116 |
| 年份 | 校友会医药类排名 |
| 2025 | 19 |
| 2024 | 17 |
| 2023 | 13 |
| 年份 | 金平果本科院校竞争力排名 |
| 2025 | 159 |
| 2024 | 169 |
| 2023 | 173 |
小结： 南京中医药大学2025年排名全国第94~166位，南京中医药大学在全国的认可度比较高。
