| 年份 | 软科中国最好大学排名 |
| 2025 | 39 |
| 2024 | 46 |
| 2023 | 49 |
| 年份 | 软科医药类排名 |
| 2025 | 3 |
| 2024 | 3 |
| 2023 | 4 |
| 年份 | 武书连中国大学综合实力排名 |
| 2025 | 74 |
| 2024 | 84 |
| 2023 | 80 |
| 年份 | 校友会中国大学排名 |
| 2025 | 85 |
| 2024 | 83 |
| 2023 | 107 |
| 年份 | 校友会医药类排名 |
| 2025 | 5 |
| 2024 | 3 |
| 2023 | 7 |
| 年份 | 金平果本科院校竞争力排名 |
| 2025 | 103 |
| 2024 | 109 |
| 2023 | 110 |
小结： 南方医科大学2025年排名全国第39~103位，南方医科大学在全国的认可度比较高。
